Duterte kemudian memenangkan Pilpres Filipina 2016. Pada 30 Juni 2016, dia dilantik sebagai presiden. Sejak itu, dia langsung mencanangkan perang terhadap kejahatan narkoba.
Selama 6 bulan pertama masa jabatannya, lebih dari 6.000 orang tewas dalam perang melawan para pelaku kejahatan narkoba. Sebagian kecil dari dari para korban merupakan hasil operasi polisi. Namun sebagian besar dibunuh di luar proses hukum.
Pada masa itu, rumah duka di Metro Manila sampai kewalahan karena banyaknya korban. Ratusan jenazah tidak dikenal atau tidak ada yang mengklaim dikubur dalam pemakaman massal.
Pemerintahan negara-negara Barat pun mengungkapkan keprihatinan atas maraknya aksi main hakim sendiri, namun Duterte tak menggubrisnya.
Dia menilai negara Barat menerapkan standar ganda kepada Filipina. Sejak itu pula hubungan Filipina dengan negara Barat merenggang, sebaliknya berusaha memperkuat hubungan dengan Rusia dan China.