Duterte memperoleh gelar ilmu politik dari Lyceum of the Philippines University di Manila 1968. Dia lalu melanjutkan studinya di bidang hukum di San Beda College dan lulus pada 1972.
Dia bergabung dengan Kejaksaan Kota Davao pada 1977 sampai diangkat menjadi wakil wali kota kota pada 1986. Dua tahun kemudian dia terpilih sebagai wali kota hingga terpilih kembali untuk jabatan yang sama dua kali.
Karena larangan menjabat secara berturut-turut, dia tak bisa maju kembali dalam pemilu pada 1998. Setelah itu, Duterte mulai berkarier di Manila dengan maju dalam pemilihan anggota DPR dari Davao.
Setelah menyelesaikan masa jabatan sebagai anggota DPR pada 2001, dia kembali ke Kota Davao dan sekali lagi terpilih sebagai wali kota.
Karena pembatasan masa jabatan kembali yang berlaku pada 2010, dia terpilih sebagai wakil wali kota, sementara putrinya, Sara Duterte, menjabat sebagai wali kota. Pada 2013, Duterte kembali menjadi wali kota, kali ini berpasangan dengan putranya, Paolo 'Pulong' yang menjadi wakil wali kota.