Kendati memenangkan pihak Roy Suryo terkait status penangkapan dan penahanannya, hakim memberikan catatan penting dalam amar putusan akhirnya. I Ketut Darpawan menegaskan bahwa meskipun proses penggeledahan, penangkapan, dan penahanan terbukti bermasalah di lapangan, hal tersebut tidak serta-merta menggugurkan atau membuat seluruh draf berkas penyidikan perkara pokok menjadi tidak sah.
Di samping itu, pengadilan juga memutuskan untuk menolak permohonan dari kubu Roy Suryo yang menuntut adanya rehabilitasi harkat dan martabat namanya seperti sedia kala.