Dengan niat mencari uang dan kehidupan di Indonesia, Sudono mulai bekerja sebagai supplier cengkeh untuk perusahaan-perusahaan rokok di Kudus dan Semarang, Jawa Tengah.
Cengkeh kemudian turut menjadi salah satu bisnis yang menunjang kerajaan bisnisnya di masa mendatang, selain bisnis tekstil tentunya.
Kemudian pada era pemerintahan Presiden Soeharto, Sudono juga pernah berbisnis di dunia perbankan dengan mendirikan Bank Windu Kencana dan Bank Central Asia (BCA).
Tidak hanya berbisnis sendirian, Sudono bersama tiga rekan bisnisnya yakni Djuhar Sutanto, Sudwikatmono dan Ibrahim Risjad (belakangan dikenal sebagai The Gangs of Four) juga membangun sebuah perusahaan tepung terigu terbesar di Indonesia yaitu, PT Bogasari. Kala itu, PT Bogasari menguasai ⅔ pasar terigu Indonesia.
Meskipun demikian, perjalan Sudono tidak selalu mulus, Sudono juga pernah mengalami kejatuhan dalam bisnisnya pada tahun 1997. Saat itu krisis moneter melanda Indonesia, kerajaan bisnisnya sempat goyah karena memiliki utang yang cukup besar, yang dilaporkan mencapai Rp52 triliun.