Pesawat tiba di Kendari pukul 23.11 UTC atau 07.11 WITA. Namun, ATC mengabarkan bahwa cuaca di bawah standar dan bandara belum buka. Setelah bertahan selama 30 menit di udara, pesawat mendarat di Kendari pukul 07.11 waktu lokal.
Lalu, pesawat terbang dari Kendari untuk kembali ke Jakarta pada pukul 00.05 UTC atau 08.05 WITA. Namun, dalam penerbangan kali ini, pilot bertindak sebagai pilot monitoring (PM) dan kopilot yang sebelumnya sudah tidur bertindak sebagai pilot flying (PF).
Kemudian, pada pukul 00.37 UTC atau 08.37 waktu lokal kedua kru kokpit itu melepas headset mereka dan volume loudspeaker kokpit dikencangkan. Pilot pun meminta izin ke kopilot untuk istirahat dan izin diberikan. Setelah pilot tertidur, kopilot kemudian mengambil alih tugas.
Pilot sempat terbangun pada pukul 01.22 UTC atau 09.22 WITA dan menawarkan kopilot untuk bergantian tidur. Namun, kopilot menjawab bahwa dia tidak ingin istirahat. Setelah berbincang sekitar 30 detik, pilot kemudian melanjutkan tidurnya.
Dalam kesempatan tersebut kopilot bertindak sebagai PF dan PM sekaligus. Dia pun sempat meminta Pusat Kontrol Area atau Area Control Center (ACC) Makassar untuk terbang menuju 250 derajat. ACC Makassar menginstruksikan pesawat untuk menghubungi ATC Jakarta atau ACC Jakarta.