Petugas ATC juga berkali-kali menghubungi kru, termasuk meminta pilot dari pesawat lain untuk membantu memanggil kru, namun tak ada tanggapan. Kemudian, sekitar 28 menit setelah kopilot tertidur, kapten terbangun dan menyadari pesawat tidak berada di jalur yang benar, dan dia kemudian membangunkan kopilot serta menjawab panggilan dari ATC wilayah Jakarta.
Akibat insiden tersebut, Direktorat Jenderal Perhubungan Udara Kementerian Perhubungan (Kemenhub) memberikan teguran keras kepada Batik Air dan akan melakukan investigasi secara khusus terkait insiden pilot dan kopilot tertidur bersamaan saat melakukan penerbangan.
Menurut Ditjen Perhubungan Udara Kemenhub, maskapai perlu memperhatikan waktu dan kualitas istirahat pilot dan awak pesawat lainnya yang mempengaruhi kewaspadaan dalam penerbangan.
Kru pesawat telah bersiap sejak 01.25 WIB, di mana penerbangan pertama dari Jakarta dijadwalkan berangkat pada 02.55 WIB. Selama persiapan penerbangan, kopilot mengabarkan pilot bahwa dia kurang istirahat.
Menurut laporan KNKT, pesawat berangkat dari Jakarta ke Kendari pada pukul 20.14 Universal Time Coordinated (UTC) atau 03.14 WIB. Selama penerbangan, pilot mempersilakan kopilot untuk istirahat. Kemudian, kopilot beristirahat di kokpit dan tidur sekitar 30 menit.