Prestasi menonjolnya termasuk memperoleh medali emas pada Olimpiade Pelajar Sekolah Dasar tingkat Asia Tenggara yang diadakan di Jakarta pada tahun 2008.
Berkat pencapaian cemerlang Jonatan, namanya semakin dikenal dan mengharumkan nama Indonesia.
Sebagai penghargaan atas prestasinya tersebut, Jonatan Christie dianugerahi penghargaan Satya Lencana oleh Presiden RI ke-5, Susilo Bambang Yudhoyono, pada tahun 2009.
Meskipun telah meraih sejumlah penghargaan, Jonatan tetap berlatih tanpa henti, dengan cita-cita untuk mencapai prestasi sebagaimana idola dunia bulu tangkisnya, Lin Dan. Tahun demi tahun, dia terus meraih kemenangan, termasuk gelar Juara Junior Asia U-15 di Ichiba, Jepang, pada tahun 2010.
Pada bulan Juli 2013, di usia 15 tahun, Jonatan memenangkan gelar internasional senior pertamanya dalam turnamen Indonesia International Challenge, dengan mengalahkan Alamsyah Yunus.
Pada tahun 2014, dalam turnamen Indonesia International Challenge, dia berhasil mencapai final, tetapi kalah dalam pertandingan lima set dari pemain veteran Korea Selatan, Lee Hyun-il.