Selama tahun 2013 dan 2014, Jonatan bersama Anthony Sinisuka Ginting dan Ihsan Maulana Mustofa menjadi pilar utama Indonesia di Kejuaraan Dunia Junior BWF dan Kejuaraan Asia Junior BWF.
Namun, selama keikutsertaannya dalam kejuaraan tersebut, Jonatan selalu tersingkir di perempat final pada kompetisi perorangan.
Pada tahun 2015, Jonatan semakin aktif berpartisipasi dalam turnamen senior di level yang lebih tinggi, seperti Grand Prix, Grand Prix Gold, Super Series, dan Super Series Premiere.
Dia juga menjadi salah satu andalan tim Indonesia pada Sudirman Cup 2015, Sea Games 2015, Thomas Cup 2016, Sudirman Cup 2017, dan Sea Games 2017.
Pada Indonesia Open Superseries Premiere 2015, Jonatan berhasil mengalahkan pemain veteran Korea, Lee Hyun Il, pada babak kedua, meskipun ia tersisih di perempat final.
Setahun kemudian, dia mencatatkan kemenangan yang mengesankan dengan mengalahkan salah satu pemain terbaik sepanjang masa, Lin Dan, dalam turnamen Indonesia Open Super Series Premiere 2016.
Pada Sea Games 2017, Jonatan meraih medali emas tunggal putra setelah mengalahkan Khosit Phetpradab. Dalam turnamen Korea Open Super Series 2017, dia dan rekannya, Anthony Sinisuka Ginting, berhasil menciptakan pertandingan final antara dua pemain Indonesia, meskipun Jonatan akhirnya harus mengakui keunggulan lawannya dalam rubber set.