Sebelumnya, Yaqut mengatakan pemerintah akan mengafirmasi hak beragama warga Syiah dan Ahmadiyah di Indonesia. Pernyataan itu merespons permintaan Guru Besar Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta Azyumardi Azra agar pemerintah mengafirmasi urusan minoritas.
Yaqut tidak mau ada kelompok beragama minoritas yang terusir dari kampung halaman mereka karena perbedaan keyakinan. "Mereka warga negara yang harus dilindungi," kata Yaqut di Jakarta, Kamis, 24 Desember 2020.