Universitas Atma Jaya Yogyakarta adalah salah satu Universitas di Jogja yang telah mendapatkan akreditasi A dari BAN PT secara institusi. Terdiri dari beberapa fakultas antara lain Fakultas Teknik, Fakultas Ekonomi, Fakultas Hukum, Fakultas Teknobiologi, Fakultas Teknologi Industri, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, dan Program Magister.
7. Universitas Pembangunan Nasional “Veteran”
Universitas Pembangunan Nasional atau yang kemudian disingkat menjadi UPN Yogyakarta ini adalah salah satu universitas di Jogja yang terbaik. Memiliki 5 fakultas yang terdiri dari Fakultas Teknologi Mineral, Fakultas Teknologi Industri, Fakultas Pertanian, Fakultas Ekonomi dan Bisnis, dan Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik. Jurusan yang terkenal dan favorit di UPN Jogja adalah Teknik Geologi, Agribisnis, Teknik Pertambangan, dan masih banyak lagi.