Universitas swasta terbaik di Yogyakarta yang satu ini mulai berdiri pada tahun 1981. Berlokasi di Bantul, UMY memiliki sekitar 9 Fakultas dan Program Pasca Sarjana. Salah satu program studi favorit di universitas yang satu ini adalah Kedokteran Umum dan Kedokteran Gigi.
5.Universitas Islam Indonesia
Sering disingkat menjadi UII, perguruan tinggi swasta tertua yang satu ini berdiri pada tahun 1945. Terdiri dari 8 fakultas yang terdiri dari Fakultas Ekonomi, Hukum, Ilmu Agama Islam, Kedokteran, MIPA,Psikologi dan Ilmu Sosial Budaya, Teknik Sipil dan Perencanaan, Teknologi Industri, dan Internasional Program.