Puger mendapat dukungan dari Adipati Gending dan Adipati Panjer. Puger agaknya ingin mengembalikan kejayaan Demak serta Dinasti Majapahit. Dia menginginkan wilayah Demak hingga ke Tambak Uwos, Jawa Timur sebagai kerajaan yang berdiri sendiri.
Namun pemberontakan Puger ini berakhir pada 1605. Panembahan Hanyakrawati mengakhiri pemberontakan kakak tirinya itu setelah mengirim Tumenggung Suranata atau Ki Gede Mestaka untuk memimpin peperangan melawan Puger.
Puger berhasil ditangkap dan diasingkan ke Kudus. Putra Puger kemudian diangkat sebagai Adipati Pati yang bergelar Adipati Pragola.
Kelak adipati inilah yang juga memimpin pemberontakan ke Mataram yang dikenal dengan pemberontakan Pragola II.