4. Universitas Atma Jaya Yogyakarta (UAJY)
15 universitas swasta terbaik di Yogyakarta selanjutnya ada Universitas Atma Jaya Yogyakarta. Kampus ini berdiri sejak 1965 dan berada pada peringkat ke-63 di Indonesia dan 4.209 di dunia.
Di UAJY menawarkan jenjang pendidikan S1 dan S2. Ada 7 fakultas dengan 11 program studi jenjang S1 dan 5 program studi jenjang S2. Jumlah tersebut sudah termasuk 4 program studi S1 kelas internasional. Diantaranya adalah Fakultas Teknik Sipil, Fakultas Bisnis dan Ekonomi, Fakultas Teknologi Biologi, Fakultas Hukum, Fakultas Ilmu Sosial dan Politik, serta Program Internasional.
5. Universitas Sanata Dharma
15 universitas di Jogja dan jurusannya selanjutnya ada UNiversitas Sanata Dharma yang berada di peringkat 73 Indonesia dan 4.604 dunia. Beberapa program studi juga telah memperoleh akreditasi A.
Di Sanata Dharma ada 25 program studi S1 dalam 7 fakultas yang diantaranya adalah Fakultas Teologi, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Fakultas Sains dan Teknologi, Fakultas Sastra, Fakultas Ekonomi, Fakultas Farmasi, Fakultas Psikologi.
Sedangkan untuk program magister atau S1 terdapat jurusan Ilmu Religi dan Budaya serta Kajian Bahasa Inggris. Kemudian untuk program doktoral yang tersedia adalah Kajian Budaya.
6. Universitas Sarjanawiyata Tamansiswa (UST)
15 universitas di Jogja dan jurusannya ada UST yang berada di peringkat 83 dunia dan 4.891 dunia. Universitas ini memiliki banyak program studi yang paling lengkap.
Saat ini UST memiliki 5 fakultas yaitu Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Fakultas Pertanian, Fakultas Teknik, Fakultas Ekonomi, Fakultas Psikologi dan Direktorat Pasca Sarjana.
7. Universitas Kristen Duta Wacana (UKDW)
Universitas Kristen Duta Wacana berdiri pada 1989 dan menjadi salah satu universitas swasta terbaik di Yogyakarta. UKDW berada di peringkat 96 di Indonesia dan 5289 di dunia.
UKDW saat ini memiliki enam fakultas dengan 12 program studi yang diantaranya adalah Fakultas Teologi, Fakultas Bisnis, Fakultas Teknologi Informasi, Fakultas Arsitektur dan Desain Fakultas Bioteknologi dan Fakultas Kedokteran.