Pada tahun 2003, Abbas menjadi perdana menteri selama empat bulan sebelum ia mengundurkan diri di tengah perselisihan dengan Presiden Arafat saat itu karena perbedaan gagasan tentang perdamaian dengan Israel, serta Intifada Palestina kedua.
Mustafa Barghouti, salah satu penentang Abbas dalam pemilihan presiden terakhir tahun 2005, menekankan selama kampanyenya bahwa Proses Oslo telah runtuh dan bahwa Palestina harus mengambil rute lain dengan Israel berdasarkan persatuan nasional, perlawanan rakyat dan berhenti percaya pada solusi politik melalui kesepakatan Oslo dengan Israel.
Barghouti percaya Oslo adalah jebakan politik dan itu melibatkan kesalahan besar, sementara tidak berisi pandangan yang jelas tentang resolusi akhir dan tidak mengakui negara Palestina. "Para politisi Palestina harus mengumumkan bahwa mereka melepaskan perjanjian itu dan menghentikan koordinasi keamanan dengan Israel," katanya.
Selama masa kepresidenan Abbas, negosiasi dengan Israel menemui jalan buntu, membuat warga Palestina tidak dapat memperbaiki kondisi mereka. "Strategi Palestina harus didasarkan pada pendekatan perjuangan sebagai alternatif negosiasi yang terbukti tidak berhasil," kata Barghouti.
Beberapa pakar politik berpendapat bahwa tahun-tahun Abbas sebagai presiden juga menghasilkan komplikasi terkait dengan proses demokrasi, kebebasan publik, dan perlawanan bersenjata, serta konflik internal di dalam Fatah yang mengarah pada faksionalisme di partai.