Pertempuran antara pasukan PRRI yang disokong Amerika Serikat dan CIA dengan tentara pemerintahan Soekarno tak terelakkan. Korban pun berjatuhan.
Pada 18 Mei 1958 seorang agen CIA kebangsaan Amerika bernama Allen Pope berhasil ditembak jatuh sekaligus ditangkap hidup-hidup pasukan Indonesia. Pope ditembak jatuh saat memiloti pesawat dengan misi mengebom perairan Maluku.
Terungkap dalam dokumen yang ditulis Kolonel Leroy Fletcher Prouty, yakni mantan kepala operasi-operasi khusus dari gabungan kepala staf dalam pemerintahan JF Kennedy.
Pemberontakan di Indonesia yang digalakkan oleh CIA betul-betul sebuah operasi militer yang menyeluruh. Pemberontakan di Indonesia tahun 1958 melibatkan 42.000 pemberontak bersenjata yang didukung CIA dengan seperangkat bomber, sejumlah pesawat pengangkut bermesin empat dan kapal selam Angkatan Laut Amerika Serikat.
“Juga melibatkan usaha bantuan pelatihan dan logistik dari pihak Filipina, Okinawa, Taiwan dan Singapura”.
Meski disokong Amerika Serikat dengan kekuatan besar, Pemerintahan Soekarno berhasil memadamkan pemberontakan PRRI/Permesta. Angkatan darat Indonesia berhasil menumbangkan pasukan pemberontak PRRI/Permesta. Akibat dari pemberontakan itu, Bung Karno kemudian membubarkan Masyumi dan PSI, yakni termasuk menangkap sejumlah tokoh-tokohnya.