Tetapi umur waruga ini tidak dapat dipastikan, karena bangsa Minahasa pada saat itu belum mengenal tulisan. Meski demikian berdasarkan berbagai sumber, waruga telah ada sebelum zaman Kristenisasi atau sebelum abad 16 Masehi.
Peninggalan budaya suku Minahasa bernama waruga ini, pertama muncul di daerah bukit Kelewer, Treman dan Tumaluntung Kabupaten Minahasa Utara (Minut) dan terus berkembang di berbagai daerah di Sulut hingga awal abad 20 Masehi.
Dalam catatan lain, waruga yang menjadi sarana pemakaman dari masa megalitikum ini kemungkinan besar digunakan hanya sampai abad 19. Hal ini disebabkan sekitar tahun 1860 pemerintah Hindia Belanda melarang penggunaan waruga.
Orang-orang suku Minahasa menggunakan waruga sebagai sarana pemakaman dengan menempatkan jenazah seperti posisi bayi saat dalam rahim ibu.
Kemudian, jenazah yang telah ditempatkan pada waruga dihadapkan ke arah utara sebagai tanda bahwa para leluhur orang Minahasa berasal dari utara.