Pada tahun 1960, Mononutu diminta Presiden Soekarno menjadi Rektor Universitas Hasanuddin. Setahun kemudian dia dianugerahi Bintang Mahaputra Utama, yaitu penghargaan tertinggi yang diberikan kepada seorang warga sipil oleh pemerintah Indonesia.
Arnold Mononutu merupakan salah satu seorang dari tokoh Partai Nasional Indonesia (PNI). Persahabatannya dengan Hatta dan tokoh-tokoh Perhimpunan Indonesia lainnya terjalin saat mereka belajar di Eropa. Selain itu dia pernah pula menjadi anggota Majelis Konstituante (1956-1959) mewakili PNI.
Selain Arnold Mononutu, lima tokoh lain yang menerima gelar pahlawan nasional yakni Sultan Baabullah dari Provinsi Maluku Utara, Macmud Singgirei Rumagesan – Raja Sekar dari Provinsi Papua Barat, Jenderal Polisi (Purn) Raden Said Soekanto Tjokrodiatmodjo dari Provinsi DKI Jakarta, MR SM Amin Nasution dari Provinsi Sumatera Utara dan Raden Mattaher Bin Pangeran Kusen Bin Adi dari Provinsi Jambi.