Dari sisi pengujian kualitas air minum jaringan perpipaan dan bukan jaringan perpipaan belum memadai, karena Pemerintah Kota Kotamobagu belum menetapkan laboratorium penguji kualitas air minum dan melakukan pengujian kualitas air minum jaringan perpipaan dan bukan jaringan perpipaan.
Hal tersebut mengakibatkan tidak terjaminnya kualitas air minum masyarakat baik yang bersumber dari jaringan perpipaan maupun bukan jaringan perpipaan.
Pada penyediaan sarana prasarana pembuangan limbah belum sepenuhnya memadai, karena masih terdapat 1.034 rumah tangga atau 4,49 persen dari 23.005 rumah tangga yang di-sampling dengan bangunan toiletnya jauh dari rumah.
Selain itu, terdapat 2.458 rumah tangga atau 10,68 persen dari 23.005 rumah tangga yang disampling masih buang air besar di sungai/saluran air lainnya.
Hal tersebut mengakibatkan terjadinya pencemaran atau kontaminasi dari tinja pada sungai/saluran air lainnya.