Sidang tersebut berlangsung selama 3 jam. Dalam hal ini, Majelis Hakim membacakan putusan setebal 100 halaman dengan pertimbangan-pertimbangan secara bergiliran.
Dalam persidangan, terjadi dissenting opinion (perbedaan pendapat) dua Hakim dari lima Hakim yang menyidangkan kasus tersebut. Masing-masing dua Hakim karier Sutisna Sawati dan Abdul Rahman Karim, dan tiga Hakim adhoc, yakni Siti Noor Laila, Robert Pasaribu dan Sofi Rahma Dewi.
Dua Hakim menyampaikan saat kejadian pada tanggal 8 Desember terdakwa berstatus perwira penghubung (pabung) bertugas di Kodim 1705/Paniai sesuai dengan dakwaan kesatu, tidak ada pengendalian secara patut serta memenuhi salah satu unsur pembunuhan dan terjadi pola kekerasan.
Sementara tiga Hakim lainnya pertimbangan unsur komando militer sebab sebagai seorang komandan militer tertinggi kala itu pada dakwaan kesatu, sebagaimana yang dipertimbangkan dalam unsur komandan militer, serta dakwaan kedua unsur komandan militer tidak terpenuhi.
Sebelumnya, Isak Sattu dituntut 10 tahun penjara oleh penuntut umum dalam kasus pelanggaran HAM di Kabupaten Paniai, Papua. Atas dakwaan pertama Pasal 42 ayat (1) huruf a dan huruf b juncto Pasal 7 huruf b, Pasal 9 huruf a, Pasal 37 Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2000 tentang Pengadilan Hak Asasi Manusia (HAM).