Pemerintahan Daerah
Pemerintahan daerah di Papua terdiri atas Dewan Perwakilan Rakyat Papua (DPRP) sebagai badan legislatif dan pemerintah provinsi sebagai badan eksekutif.
Dalam penyelenggaraan otonomi khusus, dibentuk Majelis Rakyat Papua (MRP) yang merupakan representasi kultural orang asli Papua (OAP) yang memiliki kewenangan tertentu dalam rangka perlindungan hak-hak orang asli Papua.
Hal ini berlandaskan pada penghormatan terhadap adat dan budaya, pemberdayaan perempuan dan pemantapan kerukunan hidup beragama.
Dana Perimbangan
Sebagai daerah otsus, Papua mendapat data perimbangan dari bagi hasil dari pajak dan sumber daya alam. Seperti Pajak Bumi dan Bangunan 90%, Bea Perolehan Hak Atas Tanah dan Bangunan sebesar 80%, Pajak Penghasilan Orang Pribadi 20%, Kehutanan 80%, Perikanan 80%, Pertambangan umum 80%, Pertambangan minyak bumi 70% selama 25 tahun terhitung dari tahun 2001 (mulai tahun ke-26 menjadi 50%), pertambangan gas alam 70% selama 25 tahun terhitung dari tahun 2001 (mulai tahun ke-26 menjadi 50%).
Kemudian sekurang-kurangnya 30% penerimaan pertambangan minyak bumi dan gas alam dialokasikan untuk biaya pendidikan dan sekurang-kurangnya 15% untuk kesehatan dan perbaikan gizi.
Dana lain-lain yakni Dana Alokasi Khusus yang ditetapkan sesuai dengan peraturan perundang-undangan dengan memberikan prioritas kepada Provinsi Papua.