Dalam penyergapan itu, Benny Moerdani nyaris tewas, topi rimbanya tertembak.
Kemudian, saat konfrontasi Indonesia-Malaysia tahun 1964, yaitu dalam Operasi Dwikora di pedalaman hutan Kalimantan Benny Moerdani juga nyaris tewas. Insiden tersebut terjadi saat Benny Moerdani bersama pasukan memutuskan untuk menyusup ke wilayah musuh.
Pasukan SAS yang ada pada saat itu mencium pergerakan Benny Moerdani dan pasukan, sehingga mereka menanti Benny Moerdani beserta pasukan di seberang sungai.
Penembak jitu dari SAS membidik senapannya ke arah Benny Moerdani, namun anehnya pasukan SAS tidak kunjung melepas tembakan. Alasan apa mereka terdiam sehingga ini bisa menjadi peluang bagi Benny Moerdani dan pasukan untuk lolos.
Setelah pensiun Jenderal Benny Moerdani sempat sakit dan dirawat di Rumah Sakit Pusat Angkatan Darat (RSPAD) Gatot Soebroto. Benny Moerdani saat itu stroke dan infeksi paru-paru. Dia kemudian meninggal dunia pada 29 Agustus 2004.