Uniknya, masjid yang telah berdiri kokoh selama 163 tahun tersebut hingga kini masih ditopang dengan kayu linggua dan kayu kani pada dinding-dindingnya. Kusen pintu dan jendelanya juga masih bisa dibilang orisinal sejak ratusan tahun lalu.
"Ini pintu-pintu dan kayu-kayu penyangganya masih asli semua," kata Jamalilel.
Masjid Jami' Ambon sebenarnya memiliki mimbar bersejarah yang merupakan pemberian dari Wakil Presiden (Wapres) pertama Republik Indonesia, Mohammad Hatta.
Namun sebagai wujud ukhuwah islamiyah, mimbar tersebut diberikan ke Masjid Jami' Tulehu. Pada bagian bawah, Masjid Jami' Ambon menggunakan marmer berukuran 20x40 sentimeter bercorak putih kebiruan yang didatangkan langsung dari Italia pada 1933.
Hal itu merupakan inisiasi langsung dari tukang yang bernama Zainudin. Namun saat ini tak semua lantai marmer berasal dari Italia, namun untuk menjaga keasliannya, marmer tersebut dipasang di bawah empat tiang utama masjid.
Lantai marmer Italia itu kini masih tersisa sekitar 5 meter persegi yang berada di tengah-tengah luas areal dalam lantai masjid. Sebagian bahan luar negeri yang masih ada, itu tetap akan dijaga sebagai bagian yang tidak terpisahkan dari sejarah berdirinya Masjid Jami'.