Dia menjelaskan, saat itu, konstruksi masjid tak sekokoh sekarang. Awalnyam Masjid Jami' dibangun sederhana, berdinding dan beratapkan daun rumbia (pohon aren, enau) dengan tiang kayu.
Masjid tersebut, dulunya merupakan pusat aktivitas keagamaan umat Islam di Kota Ambon dan menjadi salah satu sarana syiar Islam pada zaman kolonial.
Pada 1898, masjid sederhana yang ditopang kayu itu direnovasi dengan atap seng dan areanya diperluas. Pada 1933 masjid tersebut roboh diterjang banjir dahsyat akibat luapan Sungai Wai Batu Gajah.
Namun, tiga tahun bencana tersebut, tepatnya pada pada 1936 pengurus masjid serta warga bergotong-royong membangun kembali Masjid Jami' dengan semi-permanen dan selesai pada 1940.
Sejak saat itulah Masjid Jami' mulai dikelola secara terorganisasi melalui sebuah yayasan. Pada 1940 menjelang berakhirnya Pemerintahan Kolonial Belanda di Maluku, serdadu kompeni membuka keran minyak yang berada di sebelah hulu Sungai Wai Batu Gajah sehingga permukaan sungai digenangi oleh minyak kemudian dibakar.