Tujuannya, untuk mengadang masuknya pasukan Jepang di Kota Ambon. Saat itu, lautan api berkobar di kota yang dikenal dengan julukan Ambon Manise.
Masjid Jami' tak luput dari kobaran api dan bangunannya hangus hingga rata dengan tanah. Namun, masjid itu kembali dibangun secara swadaya oleh umat Islam di Ambon sebagai wujud mempertahankan bangsa dan agama.
Masjid Jami' menjadi saksi peristiwa demi peristiwa bersejarah di Kota Ambon, mulai dari penjajahan Belanda, kedatangan Jepang, operasi Permesta pada 1957, kekuasaan PKI pada 1965, hingga kelompok separatis bersenjata RMS setelahnya.
Masjid Jami' terdiri atas sembilan pintu utama. Masing-masing berukuran panjang tiga meter dan lebar dua meter. Enam pintu utama berjajar dari samping kiri dan kanan bangunan masjid. Sementara tiga lainnya menghadap depan.
Dinding masjid sengaja dicat hijau untuk menambah kesejukan. Selain itu, warna hijau dinilai salah satu warna favorit Nabi Muhammad SAW. Pada bagian atas, tampak interior masjid tua pada umumnya. Terdapat 36 jendela kecil berbentuk kerucut dipasang mengelilingi dinding bagian atas.