Selain itu, Pemerintah Panama melalui suratnya kepada Menteri Kelautan dan Perikanan telah menyatakan kapal itu terdaftar sebagai general cargo ship sehingga tidak berhak untuk melakukan aktivitas perikanan baik penangkapan maupun pengangkutan ikan.
Kapal MV NIKA selanjutnya dibawa dan bersandar di Pangkalan PSDKP Batam pada Minggu, 14 Juli 2019 pukul 21.30 WIB dengan pengawalan oleh KP ORCA 3 dan KP ORCA 2. Selama perjalanan, kapal dikawal secara bergantian oleh KRI Patimura, KRI Parang, dan KRI Siwar. Kemudian pada Senin, 15 Juli 2019, Satgas 115 bersama-sama denga unsur TNI AL dan Polri melakukan pemeriksaan kapal MV NIKA.
Dalam pemeriksaan MV NIKA, Indonesia memprakarsai pembentukan Multinational Investigation Support Team (MIST) yang terdiri atas beberapa negara dan organisasi internasional terkait yaitu Indonesia, Panama, Interpol, CCAMLR, Australia, dan Amerika Serikat yang akan hadir sebagai observer. MIST akan mendukung otoritas Indonesia dalam melalukan pemeriksaan MV NIKA di Batam, sesuai dengan keahlian negara dan organisasi internasional terkait.
“Ini pertama kali Indonesia mengumpulkan dan membentuk MIST untuk menangani dugaan tindak pidana yang dapat kami golongkan sebagai kejahatan terorganisir yang bersifat lintas nasional (transnational organized fisheries crime),” kata Susi.