Keyakinan rakyat Kutai dibebaskan untuk beragama walaupun kerajaan menganut ajaran agama Hindu siwa yang bercampur brahmana.
Seperti banyak kerajaan kuno lainnya, Kerajaan Kutai juga mengalami masa-masa sulit. Serangan dari berbagai kekuatan asing serta perang saudara, sehingga melemahkan Kerajaan Kutai dan pada akhirnya membawa kerajaan ini pada periode kemunduran.
Kerajaan Kutai telah mengalami banyak pergantian pemimpin hingga mengalami keruntuhan pada masa pemerintahan Raja Dharma Setia pada abad ke 13 M. Raja Dharma Setia tewas di tangan penguasa Kerajaan Kutai Kertanegara yaitu Pangeran Anum Panji Mendapa.
Kerajaan Kutai meninggalkan sumber sejarahnya berupa prasasti Yupa yang berjumlah tujuh buah dengan huruf pallawa dan bahasa sanskerta.
Prasasti Yupa tersebut telah banyak memberikan informasi terkait keluarga kerajaan serta aspek sosial, agama dan ekonomi. Yupa tersebut berbentuk tugu batu dengan tinggi kurang lebih satu meter yang tertanam di tanah.