Mereka selalu dikejutkan dengan kegiatan tak terduga, seperti renang laut di tengah gelapnya malam, senam perahu karet serta dayung. Bahkan, para siswa kadang hanya tidur sebentar, 10 menit kemudian harus melakukan halang-rintang, push up dan pull up. Mereka juga dipukuli oleh para instruktur serta pelatih untuk menggembleng mental dan ujian lisan tentang teori yang telah diberikan.
Tujuan gemblengan tersebut untuk membuktikan setiap orang bisa berpikir 10 kali lipat dalam kondisi terdesak dan dalam tekanan fisik serta mental. Tantangannya, sebagai pasukan khusus yang bisa menyelesaikan misi dengan cepat, tuntas dan rapi, yaitu bagaimana caranya bisa berpikir secara sadar dan tidak gegabah.
Fase berikutnya, yaitu pembinaan kelas selama 2,5 bulan ditambah sebulan praktik. Teori yang didapatkan dari pembinaan ini, pengintaian pantai, demolisi dan sabotase.
Lokasi latihan fase ini di sekitar pantai Gresik atau pantai di daerah Pusat Latihan Tempur Marinir Karang Tekok, Situbondo, Jawa Timur. Meski bersifat pembinaan di ruang kelas, para siswa wajib lari dan berenang baik dalam kolam maupun laut.
Fase selanjutnya, yaitu materi pendidikan komando. Pada fase ini para calon anggota Pasukan Katak mendapatkan materi perang darat dan nonkonvensional pada beberapa sub materi meliputi, perang hutan, perang jarak dekat, navigasi, Sea and Jungle Survival, baca peta, pengenalan berbagai senjata api, daki serbu, mountaineering, Combat SAR, intelijen tempur serta beladiri tangan kosong. Pasukan Katak dalam setiap aksinya kadang beregu.