Untuk masuk ke Kota Yogya, mereka menunggu datangnya bantuan pasukan Kavaleri dan Zeni dari utara Boyolali, namun tidak kunjung muncul. Kedua pasukan itu tengah mendapat perlawanan sengit dari pasukan TNI di bawah komando Letnan Kolonel Slamet Rijadi.
Van Langen pun mengambil inisiatif melanjutkan serangan ke Kota Yogya. Pasukannya dibagi dengan menggunakan rel kereta api sebagai acuan. Pergerakan pasukan Belanda melalui jalur alternatif sepanjang selatan rel yang dipimpin Kolonel Van Beek, dengan mudah melakukan penyisiran.
Van Beek pernah bertempat tinggal di Yogyakarta, yakni saat ayahnya bekerja di pabrik gula Madukismo. Dalam operasi militer gagak hitam ini Kolonel Van Beek ditugasi menangkap Presiden Soekarno, Wakil Presiden Mohammad Hatta dan Panglima Besar Jenderal Soedirman.
Pada pukul 15.00 Wib, Van Beek berhasil melaksanakan tugasnya. Bung Karno, Bung Hatta, Agus Salim Ali Sastroamidjojo, Soesanto dan Koesnan, berhasil ditawan. Sementara Panglima Besar Jenderal Soedirman berhasil lolos. Tepat pukul 17.30 Wib, Yogyakarta sepenuhnya jatuh ke tangan Belanda.
Wakil Agoeng Mahkota Beel dari Batavia mengumumkan Republik Indonesia adalah organisasi kenegaraan yang telah dihapus dari muka bumi. Sebab para pemimpin Republik telah ditangkap dan TNI berhasil dihancurkan.
Belanda tidak menduga, sebelum ditawan, Presiden Soekarno telah mengambil langkah dengan menulis surat kepada Menteri Kemakmuran RI Sjafruddin Prawiranegara yang intinya untuk membentuk Pemerintah Darurat di Sumatera.
Surat terkait pemerintahan darurat juga dikirim kepada dr Soedarsono, Duta Besar RI di India serta staf Kedutaan RI L.N. Palar dan Menteri Keuangan Mr. A.A Maramis yang sedang melakukan kunjungan kerja ke New Delhi. Artinya Negara Indonesia secara de jure dan de facto masih ada.
Sementara dari luar Yogya, Panglima Besar Jenderal Soedirman yang lolos dari penangkapan terus mengobarkan perlawanan dengan gerilya. Soedirman yang terus diburu Belanda sempat bersembunyi di wilayah Kediri dan Pacitan. Pada 1 Maret 1949, pasukan TNI bersama rakyat berhasil merebut kembali Ibu Kota Indonesia, Yogyakarta.