“Bergerak dan bangkitlah wahai saudaraku para ulama. Kuatkan barisanmu, satukan seluruh kekuatanmu, tetaplah tegar dan percayalah bahwa tidak sedikit golongan yang kecil mampu mengalahkan golongan besar hanya karena kehendak Allah, karena Allah selalu bersama orang yang sabar”.
Seruan Kiai Hasyim Asy’ari dalam Muktamar NU di Madiun sontak mendorong NU mengonsolidasikan seluruh kekuatan NU dan pesantren. Konsolidasi kekuatan termasuk melibatkan pasukan Hizbullah dan Sabilillah di daerah yang baru pulang dari medan perang melawan Sekutu di Surabaya dan Ambarawa.
Konsolidasi kekuatan NU bertujuan meningkatkan keamanan warganya sekaligus mempersiapkan diri menghadapi berbagai ancaman yang kemungkinan terjadi. Kalangan muda NU yang tergabung dalam Hizbullah dan Sabilillah memikul tugas baru, yaitu melindungi masyarakat dan aparat negara dari ancaman kelompok komunis (PKI atau FDR).
Pemberontakan PKI Madiun meletus pada 18 September 1948, namun dalam waktu cepat berhasil dipadamkan. Muso sebagai pimpinan tertinggi PKI tewas dalam baku tembak di wilayah Ponorogo.
Sementara Amir Sjarifuddin berhasil ditangkap dan kemudian dieksekusi. Mantan Perdana Menteri Indonesia di era pemerintahan Soekarno atau Bung Karno itu ditembak mati.