Inilah yang menyebabkan akhirnya Pangeran Diponegoro dengan pengetahuan hukum Islam Jawa yang kuat turut menentangnya. Dia menyebut penguasaan bangsa Eropa di Jawa menjadikan kemalangan besar bagi orang Jawa. Sebab, rakyat dijauhkan dari hukum ilahi yang disampaikan oleh Nabi dan dipaksa tunduk pada hukum Eropa.
Kekecewaan Pangeran Diponegoro kian besar setelah tak diperkenankan menegakkan hukum pidana menurut Alquran, keyakinan yang dianutnya. Apalagi banyak hukum-hukum Eropa yang diterapkan justru bertentangan dengan landasan hukum agama Islam dan hukum Jawa, yang sebelumnya diterapkan.
Kewenangan hukum Islam Jawa dalam menangani kasus-kasus pidana, menjadi tema penting selama Perang Jawa. Tuntutan-tuntutan Diponegoro yang dilayangkan semasa perang untuk diakui sebagai pengatur agama, dengan kompetensi khusus atas isu-isu pidana mendapat sambutan luas.
Di awal Perang Jawa, Diponegoro berupaya untuk menghancurkan total Keraton Yogyakarta dan membangun keraton baru, yang belum tercemar di tempat lain. Kerinduan akan datangnya regenerasi moral di bawah panji-panji Islam dan restorasi martabat kesultanan akan menjadi tema-tema penting di tahun-tahun menjelang Perang Jawa, dan menjelaskan kenapa begitu banyak warga Keraton Yogya akhirnya berpihak pada Pangeran Diponegoro pada tahun 1825.