Versi lainnya menyebutkan bahwa Nyi Roro Kidul merupakan sosok yang menyelamatkan Kerajaan Mataram dari kehancuran. Berdasarkan tradisi Mataram, Nyi Roro Kidul merupakan putri Pajajaran yang diusir karena menolak perkawinan.
Pada akhirnya, dia dikutuk oleh sang ayah menjadi ratu roh-roh halus di istananya di bawah laut Samudera Hindia dan hanya bisa kembali menjadi manusia bila menikah dengan raja-raja Islam dari tanah Jawa.
Tertulis dalam Babad Tanah Jawi, Penembahan Senopati bercinta dengan Nyi Roro Kidul agar Mataram mendapatkan perlindungan dari sang Dewi. Hal ini terjadi secara turun-temurun pada raja-raja Mataram selanjutnya.
Eksistensi Nyi Roro Kidul masih menjadi perdebatan. Ada yang menyetujui keberadaannya, ada yang meragukan. Pramudya Ananta Toer termasuk ke dalam pihak yang meragukan.
Dia mengatakan bahwa Nyi Roro Kidul hanyalah mitos belaka, saat menerima penghargaan Ramon Magsaysay 1988. Dalam pidato yang dia tulis berjudul “Sastra, Sensor dan Negara: Seberapa Jauh Bahaya Bacaan?”, Pram menjelaskan bahwa sosok Nyi Roro Kidul hanya rekaan pujangga Istana Mataram sebagai kompensasi kekalahan Sultan Agung saat menyerang Batavia (1628 dan 1629) dan menguasai jalur perdagangan Pantai Utara Jawa.