Dalam perjalanan karirnya, derajat kepegawaian Jenderal De Kock naik sebagai Menteri Dalam Negeri. Kendati demikian, kenangan peristiwa penangkapan Pangeran Diponegoro di Magelang terus mengganggunya. Untuk menangkis semua tudingan buruk, ia membuat laporan tertulis terkait peristiwa yang terjadi. De Kock melakukan upaya bersih diri.
“Mungkin pihak-pihak tertentu akan mencemooh cara penangkapan Pangeran Diponegoro berlangsung, namun saya menghibur diri bahwa setelah mereka baca laporan saya ini pada umumnya tindakan saya akan dibenarkan,” tulis De Kock seperti dikutip dari Yang Silam Yang Pedas, Indonesia dan Belanda Sejak Tahun 1600.
Tidak hanya itu. Upaya menangkis tudingan tidak satria dalam penangkapan Diponegoro juga dilakukan De Kock dengan memerintahkan Letnan Satu Francois De Stuers, ajudan pribadi yang kemudian menjadi menantunya.
Pada tahun 1833 atau tiga tahun setelah penangkapan Diponegoro, De Stuers menerbitkan buku berjudul Memoirs sur la guerre d’ile. Buku itu kemudian diterjemahkan ke dalam bahasa Belanda dengan judul Gedenkschrift van den oorlog op Java van 1825 tot 1830 (Buku peringatan Perang Jawa dari tahun 1825 sampai 1830).
Inti dari buku itu yakni membela sekaligus membenarkan tindakan yang sudah dilakukan Jenderal De Kock terhadap Diponegoro. “Perbuatan-perbuatan yang terhormat, yang semakin cemerlang mengingat terjadi di tempat yang jauhnya lebih dari empat ribu jam dari tanah air”.
Kendati demikian, semua pembelaan bersih diri itu tidak mampu melunturkan tudingan rakyat Jawa, khususnya pengikut Diponegoro kepada Jenderal De Kock dan Belanda: bahwa Pangeran Jawa yang sangat dihormati itu hanya bisa ditaklukkan dengan cara curang dan tidak satria.