Menanggapi hal itu Pemerintah kolonial Belanda pada tahun 1873 sampai turun tangan melakukan serangkaian penyelidikan dan diperoleh hasil yang mengejutkan.
Terdapat kesenjangan kehidupan sosial ekonomi antara kepala desa Perdikan dengan rakyatnya.
“Pada umumnya keadaan rakyat di desa-desa itu (Desa Perdikan) menyedihkan, terutama oleh karena mereka tidak mempunyai hak yang tetap atas tanah. Hak itu adalah di tangan kepala desa,” tulis Soetardjo Kartohadikoesoemo dalam buku Desa.
Pada tahun 1918 Pemerintah Hindia Belanda memulai mengusahakan penghapusan status Desa Perdikan secara bertahap. Untuk penghapusan ini Belanda mengeluarkan biaya yang tidak kecil.
Proyek penghapusan Desa Perdikan ini terus berlanjut hingga tahun 1921. Penghapusan status Desa Perdikan baru terwujud secara penuh saat Indonesia merdeka.
Pada awal kemerdekaan, Pemerintah Indonesia menerbitkan UU No 13 Tahun 1946 yang salah satu klausul di dalamnya adalah penghapusan status Desa Perdikan.
Motivasi penghapusan Desa Perdikan adalah agar seluruh desa di wilayah Indonesia sejajar dan tidak ada hak istimewa melekat pada salah satu desa. Hal itu sesuai dengan falsafah Pancasila.