Bahkan pada 18 Agustus 1808 konon Daendels membagi Pulau Jawa ke dalam lima prefektorat dan 38 kabupaten. Semua pejabat menerima pangkat militer dan gaji memadai. Hadiah suap - suap dari bupati + bupati dan raja Jawa, keuntungan istimewa, dan penyalahgunaan jabatan harus dihentikan.
Di sisi lain kedatangan Daendels, memunculkan stigma diktator padanya. Meski mencapai banyak hasil positif, tapi justru mendatangkan kebencian pada banyak orang yang memiliki kepentingan.
Dirinya pun juga mengangkat semua bupati Jawa menjadi pejabat pemerintah Belanda. Hal ini disebut Daendels untuk melindungi para bupati dari beban pemerasan dan perlakuan menghinakan dari pejabat Eropa.
Namun sayang Daendels juga memiliki kelemahan. Dia yang datang menjadi pejabat baru sebenarnya memerlukan dukungan dari pemimpin - pemimpin Jawa.
Tapi dia dengan mudah ditipu oleh sikap menyerah yang diperagakan para pejabat Jawa yang ditemuinya. Ia meyakini bahwa metodenya dalam menangani penguasa setempat sudah tepat.