Meski menjadi anggota DPR, Ganjar memiliki kesibukan yang cukup padat, tetap melanjutkan studinya sampai mampu menyelesaikan studi pascasarjana di Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Universitas Indonesia pada 2013.
Selanjutnya Ganjar maju sebagai calon gubernur pada Pilgub Jateng. Ganjar menggandeng Heru Sudjatmoko yang diusung oleh PDIP. Ganjar dan Heru dikenal dengan jargon Mboten Korupsi Mboten Ngapusi yang artinya tidak korupsi tidak membohongi.
Keduanya menjadi pemenang dengan perolehan suara mencapai 48,82%. Pada Jum’at, 23 Agustus 2013 dilaksanakan pelantikan Ganjar dan Heru sebagai Gubernur oleh Menteri Dalam Negeri (Mendagri) Gamawan Fauzi di DPRD Jateng, Jalan Pahlawan, Semarang.
Pilgub Jateng berikutnya, dia kembali maju berpasangan dengan Taj Yasin Maimoen yang merupakan anggota DPRD Jatengperiode 2014-2019 dari Fraksi Partai Persatuan Pembangunan (PPP). Kemenangan kembali berpihak pada Ganjar dengan perolehan suara 58,78% atau 10.362.694 suara. Ganjar dan Taj Yasin resmi menjadi Gubernur dan Wakil Gubernur Jateng periode 2018-2023.