Selama masa kuliah, Ganjar pernah cuti kuliah selama dua semester karena kesulitan biaya. Pada 1994 Ganjar bertemu dengan Siti Atikoh Supriyanti ketika sedang KKN di Temanggung, Jateng.
Atikoh merupakan seorang anak dari tokoh Nahdlatul Ulama (NU)dari Purbalingga Jateng. Dalam latar belakang organisasi ini, keduanya memiliki latar belakang berbeda.
Ganjar aktif di GMNI dan PDI sedangkan latar belakang Atikoh santriwati di Purbalingga yang berafiliasi dengan NU dan PPP. Keduanya menikah pada 1999 dan dikaruniai satu orang anak laki-laki yang bernama Muhammad Zinedine Alam Ganjar.
Zinedine lahir pada 2003 dan kini telah menempuh pendidikan menengah atas di SMAN 3 Semarang, Jateng.
Setelah menyelesaikan pendidikannya di Fakultas Hukum UGM, dia bekerja di lembaga konsultan HRD di salah satu perusahaan di Jakarta. Dia juga pernah bekerja di PT Prastawana Karya Samitra dan PT Semeru Realindo Inti.