Ganjar aktif di organisasi Gerakan Mahasiswa Nasionalis Indonesia (GMNI) dan mengagumi sosok Soekarno juga merupakan simpatisan Partai Demokrasi Indonesia (PDI). Pada 1996, PDI dilanda konflik internal antara pendukung Soerjadi dan Megawati Soekarnoputri sebagai representasi dari sosok Bung Karno.
Ganjar berada di kubu Megawati, meskipun pada kenyataannya ayah Ganjar merupakan seorang polisi dan kakaknya merupakan seorang hakim yang mana oleh Orde Baru (Orba) seluruh pejabat publik dilarang berpolitik dan harus mendukung Golkar.
Pada akhirnya Ganjar memilih berkarier politik melalui Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan (PDIP) yang dipimpin oleh Megawati Soekarnoputri. Pada November 2014, tepatnya ketika kongres Keluarga Alumni Universitas Gadjah Mada (KAGAMA) di Kendari, Ganjar terpilih melalui musyawarah menggantikan Sri Sultan Hamengkubuwono X sebagai ketua umum periode 2014-2019.
Ganjar terpilih melalui musyawarah mufakat bersama tiga calon ketua umum lainnya, yaitu Sri Sultan Hamengkubuwono X yang merupakan Ketua Umum KAGAMA periode 2009 -2014, Budi Karya Sumadi yang merupakan Ketua Pengda KAGAMA DKI Jakarta dan Usman Rianse yang merupakan Pengda KAGAMA Sulawesi Tenggara.
Musyawarah tersebut bertempat di Hotel Grand Clarion, Kendari, Sulawesi Tenggara pada Sabtu, 8 November 2014. Setelah terpilih Ganjar memberikan sambutannya yang menyatakan program kerja KAGAMA janganlah sampai melupakan nilai-nilai dari perjuangan, kerakyatan dan kebangsaan yang sudah diajarkan oleh Universitas Gadjah Mada.