Dalam masa kepemimpinannya yang singkat, Sunan Prawoto lebih cenderung sebagai seorang ahli agama, dari pada pemimpin politik. Sehingga daerah bawahan Demak seperti Banten, Cirebon, Surabaya, dan Gresik, berkembang bebas tanpa mampu dikendalikannya.
Sunan Prawoto lahir saat ayahnya, Raden Trenggana masih sangat muda dan belum menjadi raja. Raden Trenggana adalah adik kandung Pangeran Sabrang Lor, orang Jepara. Sedangkan Raden Kikin yang lebih tua usianya, lahir dari Permaisuri Raden Fatah bernama Putri Solekha, anak dari pasangan Pangeran Wironegoro Adipati Lasem dengan Nyai Ageng Malokha Binti Sunan Ampel.
Selama memimpin Demak, Sunan Prawoto memindahkan pusat pemerintahannya ke Prawoto, sehingga dikenal dengan sebutan Demak Prawoto. Dalam masa kepemimpinannya, di wilayah Demak ada dua adipati yang sangat kuat, dan turut bersaing memperebutkan takhta Kesultanan Demak.
Kedua adipati ini adalah Adipati Arya Penangsang dari Kadipaten Jipang, dan Adipati Adiwijaya penguasa Kadipaten Pajang. Masing-masing adalah keponakan dan menantu Sultan Trenggana. Usai berhasil menghabisi Sunan Prawoto, melalui tangan Rangkud.
Arya Penangsang akhirnya naik takhta memimpin Kesultanan Demak. Dalam kepemimpinannya di Kesultanan Demak, Arya Penangsang memindahkan pusat pemerintahan ke Jipang. Masa kepemimpinan Arya Penangsang ini, Kesultanan Demak juga dikenal sebagai Demak Jipang.