Kiai Murmo sendiri akhirnya dipulangkan oleh Belanda ke tanah Jawa kembali pada September 1824. Dia diizinkan kembali ke Semarang dari pengasingannya di Ambon, tetapi kondisi kesehatan guru agama Pangeran Diponegoro semasa kecil itu sudah memburuk, hingga akhirnya menghembuskan napas terakhirnya tanpa melihat keluarganya lagi.
Lambat laun tak hanya Kiai Murmo yang menjadi korban tangan besi sang residen Belanda tersebut, para santri yang belajar agama pun ikut dijatuhi hukuman mati. Pasalnya mereka dianggap menjadi simpatisan pro Pangeran Diponegoro.
Alhasil kasus penangkapan Kiai Murmo dan peristiwa penangkapan santri menjadi tahap penting merosotnya hubungan Diponegoro dengan penguasa kolonial Belanda.
Pengasingan sang kiai selama enam tahun dan penangkapan santri mengguncang jiwa serta menumbuhkan keyakinan diri Pangeran Diponegoro bahwa para pejabat baru Belanda pasca 1816 dan para penyewa tanah betul-betul kurang menghormati islam.