Sultan yang membangun Gua Sunyaragi antara lain Panembahan Losari, Raden Sepat (salah satu arsitek dari Kerajaan Demak), Pangeran Wisanggeni, Syekh Bucu, Pangeran Kertasari, Pangeran Ameng-ameng, Syekh Mahmud, dan Pangeran Juru Taman.
Di bawah kekuasaan Pangeran Emas saat itu, Gua Sunyaragi masih belum sempura dan pembangunan pun di lanjutkan pada kepemimpinan Dipati Arya Carbon. Pada zaman Dipati Arya Carbon ini, Goa Sunyaragi juga dibangunkan Bangsal Jinem, Padang Ati, Gua Pawon, Gua Lawa dan Gua Pengawal.
Setelah itu, di era Sultan Sepuh IV (Pangeran Djaenudin Amir Sena II) Goa Sunyaragi mulai dipercantik dengan dibangunnya Gua Arga Jumad, dan Balai Kembang.
Objek Wisata Sejarah
Pada 1997, Gua Sunyaragi dikelola oleh Pemkot Cirebon dan dijadikan objek wisata. Teknis pengelolaan dilaksanakan oleh Dinas Kebudayaan Olahraga Kepemudaan dan Pariwisata (DKOKP) Kota Cirebon.
Struktur bangunan Gua Sunyaragi yang unik meniadi daya tarik tersendiri bagi wisatawan. Setiap musim liburan, Gua Sunyaragi menjadi salah satu destinasi favorit kunjungan masyarakat.