Gua Pengawal di bagian bawah untuk tempat berjaga para pengawal. Saat Sultan menerima bawahan untuk bermufakat, digunakan Bangsal Jinem, akan tetapi kala Sultan beristirahat di Mande Beling. Sedang Gua Padang Ati (Hati Terang), khusus tempat bertapa para Sultan.
Berdasarkan catatan berbagai sumber, terdapat dua versi sejarah Gua Sunyaragi. Pertama, berita lisan tentang sejarah Gua Sunyaragi disampaikan secara turun-temurun oleh para bangsawan Cirebon. Versi ini disebut Carub Kanda (Cireta Cirebon).
Versi kedua adalah versi Caruban Nagari (Negara Cirebon) berdasarkan buku Purwaka Caruban Nagari tulisan tangan Pangeran Kararangen atau Pangeran Arya Carbon pada 1720.
Karena tertulis, versi sejarah Gua Sunyaragi dalam Caruban Nagari digunakan sebagai acuan para pemandu wisata gua Sunyaragi.
Menurut versi ini, Gua Sunyaragi didirikan pada 1703 Masehi oleh Pangeran Kararangen, cicit Sunan Gunung Jati. Kompleks Sunyaragi beberapa kali mengalami perombakan dan perbaikan.