Bantuan senjata juga datang dari para lanun yang diperolah dari Mindanao, Lingga dan Palembang. Perlawanan yang dikobarkan Depati Amir menjadi sangat hebat.
Maka menjadi wajar jika Belanda kewalahan dan meminta bantuan militer dari Palembang dan Batavia. Perang dengan Belanda pun akhirnya berkecamuk dan meluas.
Pertempuran hebat terjadi pada Desember 1848, di beberapa tempat seperti Lukok, Cepurak, Mendara, Memadai, Ampang dan Tadjaubelah, saat Depati Amir memimpin langsung perlawanan.
Dalam bertempur, Depati Amir banyak belajar dari ayahnya. Dia menerapkan taktik perang gerilya yang amat menyulitkan pihak militer Belanda. Ditambah lagi pasukan pemerintah Hindia-Belanda mendapat serangan penyakit Demam Bangka.
Hal yang kurang diperhatikan Depati Amir adalah pengkhianatan. Belanda yang tidak punya malu menerapkan taktik kotor ini dengan memberikan uang ganjaran 1.000 dollar Spanyol kepada tujuh orang pimpinan dan 36 anggota barisannya.
Di tengah perang gerilya, kondisi fisik Depati Amir mulai menurun. Dia mulai terserang sakit. Di tengah kondisi kurang logistik dan kelelahan fisik itulah, pada 7 Januari 1851, Depati Amir tertangkap di Distrik Sungaiselan.
Depati Amir beserta keluarga dan pengikutnya lalu diasingkan ke Kupang, Nusa Tenggara Timur pada 28 Februari 1851. Dia meninggal pada 28 September 1869 dan dimakamkan di pemakaman muslim Batukadera, Kupang.