Kemudian, per tahun 2000/2001 pengelolaan SMU Insan Cendekia yang awalnya di bawah BPPT dilimpahkan ke Departemen Agama. Selanjutnya, nama SMU ditransformasi menjadi Madrasah Aliyah Insan Cendekia tanpa mengurangi sistem pengajaran.
Untuk proses belajar-mengajar, MAN Insan Cendekia Serpong sejak tahun pelajaran 2017/2018 telah menggunakan kurikulum 2013 dengan Sistem Kredit Semester (SKS). Tujuannya agar para lulusan bisa diterima di perguruan tinggi berkualitas terbaik di dalam negeri maupun luar negeri lebih dari 90 persen setiap tahun.
Sekolah ini memiliki asrama tinggal untuk para siswa-siswinya. Adapun, kegiatan sehari-hari di sekolah dimulai dari sebelum Subuh hingga menjelang tidur.
Adapun, rincian jadwal siswa-siswi MAN Insan Cendekia Serpong dimulai dari pukul 04.30 WIB dengan melaksanakan salat tahajud di masjid sekolah dan melaksanakan salat Subuh. Kemudian, melakukan aktivitas keagamaan yang dipandu pihak asrama.
Selanjutnya, di pukul 05.30 WIB siswa dipersilakan kembali ke asrama untuk persiapan berangkat sekolah serta sarapan. Setelah itu, dilakukan apel pagi dan dilanjutkan dengan pelaksanaan salat duha.