Meskipun telah menjalankan tugasnya dengan baik, Jenderal pertama VOC ini harus diberhentikan pada tanggal 6 November 1614 yang kemudian digantikan oleh Gerard Reynst sebagai Gubernur Jenderal VOC penerusnya.
Masa kembalinya Pieter Both dan pasukannya menuju Belanda, kapal mereka harus mengalami nasib buruk ketika melewati Perairan Mauritius yang berada di barat daya Samudra Hindia.
Kapal rombongan yang mengangkut Pieter dan rombongannya musti tenggelam pada Maret 1615. Penyebab tenggelamnya kapal ini masih belum diketahui pasti.
Demikianlah informasi mengenai sosok Pieter Both, gubernur jenderal pertama VOC di kepulauan Nusantara.