Di Kepulauan Maluku ini Pieter Both berhasil memimpin pasukan untuk mengalahkan dan mengusir Spanyol dari Tidore, dan merebut Timor dari tangan Portugis.
Meskipun pada akhirnya Pieter memutuskan Jawa sebagai pusat pemerintahan lantaran Maluku tidak dapat memproduksi pangan dengan cukup baik. Selain itu Jawa juga lebih dinilai strategis. Sementara itu Maluku masih menjadi lokasi pusat perdagangan VOC.
Pada tahun 1610, Pieter Both mendirikan pos perdagangan di Banten dan berhasil memasuki wilayah Jayakarta kala itu.
Penguasaan Pieter di Jawa dimulai dengan merintis bibit-bibit koloni di Jayakarta dan membuat perjanjian bersama Widiak Rama yang merupakan penguasa kala itu untuk memperbolehkan VOC bebas berdagang dan memperoleh basis tetap.
Sebagai imbalannya nanti kedua belah pihak akan saling membantu bila terjadi penyerangan dari negara atau pihak lain.