Pertama, menurut UU Otonomi Khusus (Otsus) 2001; bentuk pengadilan HAM dan pembentukan Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi (KKR). Kedua, kecenderungan dominasi politik di birokrasi dan parlemen daerah oleh kelompok pendatang Otsus tidak berpihak pada Orang Asli Papua (OAP).
Ketiga, Papua menginginkan partai politik lokal seperti di Aceh. Keempat, kekerasan dan pelanggaran HAM di Papua bersumber dari perdebatan soal sejarah reintegrasi Papua ke NKRI.
Selain itu, lanjut Nuning, saat ini banyak persoalan kemaritiman yang harus dijawab Panglima TNI baru. Meski bukan dari matra TNI AL, namun calon Panglima TNI harus memahami geopolitik maritim.
"Beberapa waktu yang lalu, Australia secara sepihak mengklaim Pulau Pasir sebagai wilayahnya. Ini persoalan geopolitik maritim. Bahkan, di Laut Natuna Utara, Indonesia meskipun berstatus netral, tapi jelas berhadapan dengan kekuatan China. Kapal-kapal ikan Vietnam sudah seringkali melanggar perbatasan ZEE Indonesia. Semuanya jelas persoalan geopolitik maritim," ujarnya.