Tepat pada pukul 06.35 WIB salat Idulfitri pun dimulai. Bertindak selaku imam dan khatib dalam kesempatan tersebut yaitu Masmin Afif yang merupakan Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Daerah Istimewa Yogyakarta. Sementara itu, bertindak sebagai bilal adalah Abdul Rosyid, pengurus Masjid Darussalam Istana Yogyakarta.
Dalam khotbahnya selepas salat, khatib menyampaikan khotbah yang bertema "Solidaritas Sosial di Masa Pandemi". Khatib berujar bahwa Idulfitri adalah momentum emas untuk memperkuat solidaritas kemanusiaan umat dengan saling peduli, berbagi, dan menghargai, saling merajut silaturahmi, menyapa dan memaafkan, serta mengaktualisasikan nilai-nilai fitrah dalam perbuatan nyata dan perilaku mulia.
"Semoga momentum Idulfitri juga benar-benar mampu mengantarkan tatanan kehidupan masyarakat dan bangsa Indonesia yang berlandaskan nilai-nilai agama, akhlak mulia, kebersamaan dan kasih sayang, dan terus saling peduli di tengah pandemi demi terciptanya tatanan masyarakat yang berharkat dan bermartabat, sejahtera dan berkeadaban, di bawah naungan rida, magfirah, dan kasih sayang Allah Swt," ujar khatib.
Selesai menunaikan salat Idulfitri, sekitar pukul 07.00 WIB Presiden Jokowi dan Ibu Iriana kembali ke Gedung Agung. Sambil berjalan, Presiden menyempatkan menyapa jemaah di beberapa saf depan.
Turut mengikuti salat Idulfitri tersebut antara lain Pangdam IV/Diponegoro Mayjen TNI Widi Prasetijono, Komandan Paspampres Mayjen TNI Tri Budi Utomo, Wali Kota Yogyakarta Haryadi Suyuti, dan Danrem 072/Pamungkas Brigjen TNI Afianto.