Jasa politik HB XI di masa awal berdirinya RI juga sangat besar. Terutama terkait dukungan politik dan finansial untuk berdirinya sebuah negara. Bahkan, Keraton Yogyakarta saat itu bisa disebut sebagai nyawa untuk RI.
Seiring perjalanan Republik Indonesia sebagai sebuah negara, HB IX telah mengabdikan diri dalam berbagai posisi di pemerintahan. Selain menjadi pejuang pejuang kemerdekaan, Sri Sultan Hamengku Buwono IX juga tercatat sebagai Menteri Negara dari era Kabinet Syahrir (2 Oktober 1946 - 27 Juni 1947) hingga Kabinet Hatta I (29 Januari 1948 s/d 4 Agustus 1949).
Di masa kabinet Hatta II (4 Agustus 1949 - 20 Desember 1949) hingga masa RIS (20 Desember 1949 - 6 September 1950), HB IX menjabat Menteri Pertahanan. Ia juga menjadi Wakil Perdana Menteri di era Kabinet Natsir (6 September 1950 - 27 April 1951).
Melansir laman resmi Keraton Jogja, HB IX masih terus memegang berbagai jabatan di setiap periode hingga pada tahun 1973 menjadi Wakil Presiden Republik Indonesia yang kedua. Jabatan tersebut diemban sampai pada tanggal 23 Maret 1978, ketika ia menyatakan mengundurkan diri.
Selain berperan besar di bidang politik, Sri Sultan Hamengku Buwono IX ditetapkan sebagai Bapak Pramuka Indonesia. Khusus mengenai kepanduan ini, ia menyandang medali Bronze Wolf dari organisasi resmi World Scout Committee (WSC) sebagai pengakuan atas sumbangsih seorang individu kepada kepanduan dunia.
Tepat pada tanggal 2 Oktober 1988 malam, ketika beliau berkunjung ke Amerika, Sri Sultan Hamengku Buwono IX menghembuskan nafas terakhirnya di George Washington University Medical Center. Sang Raja kemudian dimakamkan di Kompleks Pemakaman Raja-raja di Imogiri Yogyakarta, diiringi lautan massa yang ikut berduka.
Berdasar SK Presiden Republik Indonesia Nomor 053/TK/Tahun 1990, tanggal 30 Juli 1990, Sri Sultan Hamengku Buwono IX dianugerahi gelar Pahlawan Nasional atas jasa-jasa beliau kepada Negara Kesatuan Republik Indonesia.