Pemimpin DI/TII di Jawa Tengah adalah Amir Fatah. Awalnya Amir Fatah menjabat sebagai Komandan Laskar Hizbullah dan sempat bergabung dengan TNI di Tegal, namun kemudian ia berubah sikap dengan menjadi pendukung gerakan DI/TII Kartosoewirjo.
Pada tanggal 28 April 1949, Amir fatah memproklamasikan berdirinya Negara Islam Indonesia (NII) di Desa Pegangsaan, Tegal. Di bawah kepemimpinannya, gerakan dengan tujuan DI/TII mendirikan negara Islam berkembang pesat sampai akhir 1950.
Pasukan DI/TII juga melancarkan serangan terhadap TNI dan kepolisian. Akibatnya, pecah pertempuran antara pasukan DI/TII Amir Fatah dan TNI.
Upaya pemerintah RI dalam menanggulangi Pemberontakan DI/TII di Jawa Barat dilakukan dengan dua cara, yaitu operasi militer dan jalur politik. Perlawanan Amir fatah tidak berlangsung lama karena kurangnya pendukung DI/TII Jawa Barat.
Pada 22 desember 1950, Amir Fatah berhasil ditangkap saat menuju Jawa Barat untuk bergabung dengan Kartosuwiryo.
Latar belakang DI/TII di Aceh terjadi karena berbagai permasalahan yang kompleks. Pertama, adanya penghapusan status Provinsi Aceh. Kedua, adanya peristiwa Razia Agustus 1951. Ketiga, konflik antara ulama dan uleebalang.