Darurat Militer Aceh (2003–2004)
Pada 19 Mei 2003, Presiden Megawati Soekarnoputri menetapkan darurat militer di Aceh untuk menghadapi konflik bersenjata dengan GAM. Durasi pemberlakuan sesuai ketentuan adalah enam bulan, yang kemudian digantikan oleh darurat sipil setelah kondisi stabil.
Darurat Militer Timor Timur (1999)
Area ini pernah dinyatakan darurat militer lewat Keppres No. 107 Tahun 1999 yang berlaku mulai 7 September 1999, dan kemudian dicabut melalui Keppres No. 112 Tahun 1999 pada 23 September 1999 — berarti kurang dari satu bulan.
Tercatat juga bahwa Presiden Soekarno pernah menetapkan darurat militer pada 14 Maret 1957 sebagai respons atas pemberontakan PRRI dan Permesta.
Selama pemberlakuan darurat militer, hak-hak sipil mengalami pembatasan serius, termasuk:
Pengambilalihan kekuasaan sipil oleh militer, termasuk penangkapan dan penahanan tanpa proses hukum biasa hingga 20 hari.